בשנת 1913 בחרו כמה מצעירי "השומר" (ארגון שנוסד בשנת 1908 ומטרתו שמירה יהודית במושבות שבשומרון, יהודה ובגליל) להקים נקודת שמירה בפתחו המערבי של ואדי ערה, אשר תשמש גם כתחנת ביניים בין יהודה ובין העמק והגליל. הם התיישבו ב"חירבת כרכור" שהיתה למעשה כמה חושות ערביות על הדרך ההיסטוריות ממישור החוף לעמק יזרעאל.

התנאים הקשים - קדחת, מחסור במים (עד שנת 1935 הובאו המים בעגלה מכרכור), וריחוק מכל מקום יישוב - היו בעוכריהם של המתיישבים, והם עזבו, ובמקומם הגיעו בשנת 1917 עשרה חברים מקבוצת "אחדות". הללו התגוררו בשני צריפים ואורווה, עיבדו 500 דונם קרקע, והיו להם 20 בהמות עבודה ושמירה. בשנת 1921, לאחר מלחמת-העולם הראשונה וכיבוש הארץ על-ידי האנגלים, נבנתה החצר המבוצרת ששיטחה 4 דונם, בידי פלוגת בונים מראש העין, אנשי גדוד העבודה. החצר הוקפה חומת אבן בגובה 2 מטר עם חרכי ירייה ושער ברזל גדול. כמו כן נבנה בית קומותיים מאבן, שנועד להכיל את אנשי המקום בעת צרה. הבית נבנה לפי סגנון הבנייה הכפרית בדרום צרפת מסוף המאה הי"ט. למרות ההשקעה הגדולה בבנייה, גם אנשי גדוד העבודה עזבו את המקום והשאירו קבוצה קטנה שגם ממנה נותר לבסוף רק אחד שהפך לימים לחבר עין שמר, הלא הוא שמואל שועלי ("שמואל הראשון").

בשנת 1927 הגיעו לנקודה ראשוני החלוצים של "השומר הצעיר", 18 בחורות ו-36 בחורים, שעד אז התגוררו בעין גנים שליד פתח-תקווה, והכינו את עצמם לעלייה לקרקע. שנה זו נחשבת לתאריך ייסודו של הקיבוץ שבתחילה נקרא "כרכור" ורק בהמשך ניתן לו שמו "עין שמר". בשנים הבאות הצטרפו לחברי עין גנים קבוצות נוספות של השומר הצעיר מפולין: "בנימינה", "שומריה" ו"בדרך". חיי החברים היו קשים מנשוא ואף אירע כי 80 מתוך 100 אנשיה חלו בקדחת. בשנת 1934 חוברה החצר לרשת החשמל, ורק בשנת 1935 נמצאו בה מים רבים שגרמו למהפך בהתפתחות המשק ובניית מגדל המים במקום.

חמישה טעמים לשם עין שמר 

עין – משום שמקימי הקיבוץ התגבשו ב"עין גנים" שליד פתח תקווה. משום התקווה למצוא מעיינות מים – תקווה שהתממשה! שמר – משום שאנשי "השומר" הקימו פה נקודת שמירה. משום שמייסדי הקיבוץ היו מבוגרי תנועת השומר הצעיר. משום שהקיבוץ יושב באזור מלכותו העתיקה של שמר, מלך שומרון.

כחברי השומר הצעיר חיפשו המייסדים דרכים לשיתוף פעולה וידידות עם שכניהם הערבים, ואט אט נוצרו קשרים חברתיים עם חקלאי הסביבה. עם זאת, שנות השלושים והארבעים היו מתוחות מבחינה בטחונית. ב-1938 נרצחו שנייים מחברי הקיבוץ בהתקפת כנופייה ערבית. עם תום מלחמת העולם לקחו החברים חלק במבצעי ההעפלה, וכאשר פשטו הבריטים על קיבוץ גבעת חיים, מיהרו לקחת חלק בהגנת המקום, אירוע שבו נפל חבר הקיבוץ אלימלך שטרקמן וכמה חברים נפצעו. (אולי ניתן לקשר פיסקה זו לדפי הנצחה של אותם אנשים ואפילו לתרגם אותם דפים ספציפיים לאנגלית. דווקא זה עשוי להיות דבר שיחפשו צאצאים בניכר – לקשר כן. לתרגם אני לא בטוחה)
בשנות הארבעים והחמישים הצטרפו לקיבוץ גרעינים תנועתיים ממצרים וממדינות הבלקן, שהכפילו את אוכלוסיית הקיבוץ והעשירו מאד את אופיו החברתי. משנות הששים הגיעו לעין שמר עשרות צעירים מכל רחבי העולם, בין אם כעולים חדשים שעברו באולפן המקומי ובין אם כמתנדבים, בעיקר ממדינות סקנדינביה. בשנים אלה פסק הקיבוץ מקליטה מאורגנת של קבוצות, ומאז ועד היום הוא גדל בעיקר מקליטת בני הדור השני והשלישי שבחרו לבנות בו את ביתם.
קיבוץ עין שמר היה בין מקימיו של "הקיבוץ הארצי" – התנועה המיישבת של קיבוצי השומר הצעיר. על חבריו נמנו אישים בולטים במוסדות המדינה והתנועה, ביניהם צבי לוריא, מחותמי מגילת העצמאות, ישראל (קורט) הרץ, ממנהיגי ההסתדרות הציונית, קובה ריפתין, חבר כנסת מטעם מפ"ם (6 כנסות), ודוד אלעזר, חבר ההשלמה היגוסלבית ולימים רמטכ"ל צה"ל. 

כלכלה וחברה
בשנותיו הראשונות התבססה כלכלת הקיבוץ בעיקר על חקלאות: דיר צאן (כבשים) ורפת פרות, שדות שלחין, פרדס ומטעים (חבר הקיבוץ אבא שטיין המציא כאן את זן התפוח "ענה"!) החל משנות השבעים צומצמו ענפי החקלאות והם כוללים היום גידולי שדה, מטעי אבוקדו, לול פטימים ורפת. במקביל התחזק הענף התעשייתי והמסחרי, והקיבוץ הקים "תעשיות גומי עין שמר" את "מיניפלסט", מפעל למוצרי פלסטיק מתכלים, ואת המרכז המסחרי בצומת כרכור (בשיתוף עם חברת "אלון"). מקור פרנסה נוסף הוא עבודה של חברים מחוץ לתחומי הקיבוץ, וכן יזמויות אישיות כגון נפחיה אמנותית, חממה אקולוגית, חברת הפקות, חברת אדריכלות ומרכז למטפלים הוליסטים.
באמצע שנות ה-80 נקלע הקיבוץ, יחד עם מרבית התנועה הקיבוצית ובעקבות המדיניות המוניטרית של הממשלה, למשבר כלכלי חמור, ממנו נחלץ בסוף שנות ה-90, עם החתימה על הסדר בין הקיבוץ לבנקים ולמינהל מקרקעי ישראל.
במקביל לתהפוכות הכלכליות עבר הקיבוץ שינויים חברתיים, שבמרכזם העברת מרכז הכובד מהקולקטיב אל המשפחה. בשנות השמונים חדלו הילדים לישון בבתי ילדים ("לינה משותפת") ועברו לישון בבתי ההורים ("לינה משפחתית"), בשנות התשעים הופרטו רבים מסעיפי הצריכה והתקציב האישי הוגדל על חשבון התקציב המשותף, ומתחילת שנות האלפיים מתקיים דיון מתמשך על מעבר למשכורות דיפרנציאליות – דיון שטרם הוכרע (נכון ל-2010).

חינוך ותרבות
בשנת 1948 יסד הקיבוץ בית ספר תיכון: "מוסד חינוכי מבואות עירון", אליו הצטרפו בהמשך הקיבוצים מענית, מצר וברקאי. כיום מבואות עירון מהווה אבן שואבת לנוער מכל האזור, והוא מונה כ-1,000 תלמידים, ביניהם גם נוער עולה מאתיופיה ומברית המועצות לשעבר.

עין שמר היה ממובילי ענף הכדורעף בארץ ובשנות החמישים והשישים עמדו קבוצות הגברים והנשים שלו בראש הליגה הלאומית. אחד משיאי הספורט המקומי היה המפגש שהתקיים בנת 1960 בין "הפועל עין שמר" לבין הקבוצה הטורקית "גלטאסראיי". כיום שותף הקיבוץ בקבוצת כדורעף ("המעפיל-עין שמר- מנשה").

לאורך השנים נודע הקיבוץ באינספור אמנים ואנשי רוח. בדור הראשון התבלטו הסופרים משה זרטל, צבי לוריא, רבקה גורפיין וצבי ארד, המשוררים עזריאל אוכמני ואריה שמרי, הקריקטוריסט איגנץ (יצחק) פלגי, האדריכל קובה גבר ועוד רבים.
בדור השני של בני קיבוץ אפשר למנות את המשורר אלי עלון, האמנים אביטל גבע וצילה ליס, הארכיאולוג והסופר אדם זרטל, אבישי גרוסמן, מעורכי "שיח לוחמים", המחנך ואיש הספר רפי שפירא, המוסיקאית מירי גרוסברג, הנפח האמן אורי חופי ועוד.
מבין חברי הדור השלישי אפשר לציין את הסופרת רקפת זהר, הקולנוען אורן תירוש, המוסיקאי זמיר גולן, האמן עתר גבע, ועוד רבים "בתנור"... 

אתרים ואטרקציות
החצר הישנה – מוזיאון לראשית ההתישבות הקיבוצית בארץ. כולל גם אטרקציות כגון בית בד, רכבת האלונים (שחזור של הרכבת הטורקית שנסעה בארץ ישראל בתחילת המאה הקודמת, תצוגה של טרקטורים וציוד חקלאי מראשית המאה ה-20 ועוד.
החממה האקולוגית – מרכז חינוכי העוסק האקולוגיה ובמעורבות חברתית
נפחיית חופי – בית ספר לנפחות, מיסודו של אורי חופי
תבליט של הפסל נתן רפפורט – המנציח את זכר מבצעי ההעפלה שהחברים לקחו בהם חלק.
אנדרטה של הפסל רודה רודלינגר לזכר שני צנחנים בני הקיבוץ שנפלו במלחמת ששת הימים.